分類：ダツ目アドリアニクチス(メダカ)科
ダツ目は、トビウオやサンマ、サヨリなどの仲間がいます。メダカのまわりにいる魚たちはコイ科の魚が多いんですが、メダカはちょっとちがう仲間の魚なんですね。

分布：日本国内では、本州から沖縄までに分布しています。元々は青森県あたりまでしか、自然界には生きていなかったようですが、最近では北海道でも一部の地方では生きているようです。 （放流によるものと考えられています）
また、地方によってヒレの筋の数や体型、染色体などがわずかにちがいがあります。

どれぐらい生きるか：自然界では約１〜２年と言われています。飼育では、うまく飼えれば５年ほど生きることがありますが難しいです。だいたい２年ぐらいでしょうか。

子どもを増やす時期：普通は春から初夏にかけて産卵し、かえった子メダカは夏、秋の間をかけて成長し、 次の年に産卵します。ただ、春に生まれたメダカが成長し、その年の秋にはもう産卵することもあるようです。

モデル生物：ニホンメダカは、卵の中での成長が観察しやすいなどの理由で、 生物学ではモデル生物として、体の中がどのようにできるのかを調べるための研究に使われています。 遺伝子の研究が進んでいて、実験用のメダカでは系統が記録されています。 「宇宙メダカ」として、1994年7月に日本人宇宙飛行士の向井千秋さんとともにスペースシャトルで宇宙まで行きました。 そして地球の脊椎動物としては、初めて宇宙で繁殖したのがメダカです。
また、ほ乳類以外では始めて性別を決める遺伝子が見つかった生き物であり、 オスとメスがどのように決まるのかを研究するために注目されています。

ペットショップに行くと、品ぞろえのいい店では様々な色のメダカが売られています。
代表的なヒメダカをはじめとして、白メダカ、青メダカ、アルビノメダカ、さらにそれぞれの光りタイプ、ダルマタイプなど様々なメダカがいます。
しかし、どれも生き物としての種では、「メダカ（ニホンメダカ）」です。
「ヒメダカ」、などは品種といいます。体色細胞の色を決めるもの（遺伝子といいます）が、たまたま黄色や白になったものを固定して色が変わらないようにしたものです。 　　
遺伝的表現型は４色型あると言われています。さらにアルビノや、内蔵等が透けて見える透明メダカというものもいます。
なので、エサや住みやすい条件などは、野生のメダカと変わりません。

では、世界には日本のメダカの仲間はどれぐらいいるのでしょうか。
いろいろな考え方がありますが、生き物としての分類として考えてみます。
生き物の種類分けをするとき、これも様々な見方がありますが
１．子どもの増やし方（メダカならば、卵を産んで水草などにつける）
２．体のつくり（メダカの場合、ヒレの付き方など）
で、分けることが多いです。こうして集めた似た生き物のグループを「属」と言います。 メダカは「メダカ属（Oryzias属）」ですから、現在このグループに入っているものをここでは「メダカの仲間」とします。
ここに入っているのは、現在１４種類とされています。（これも研究者によっては１３種類という人もいます）

メダカが注目されたこととして、絶滅危惧種への指定というものがありました。 これについてまとめてみたいと思います。
1999年2月に環境庁（現在は環境省）が 「レッドリスト（レッドデータブックに揚げるべき日本の絶滅のおそれのある野生生物の種のリスト）」を発表しました。 その中の「絶滅危惧II類（VU)」（絶滅の危険が増大している種）にメダカが載り、話題になったことを覚えている方も多いと思います。 2007年8月のレッドリスト見直しでは、「メダカ北日本集団」と「メダカ南日本集団」の2つに分けて記載されました。
ここでは、環境省が2003年5月に発表したレットデータブックに基づき、今のメダカがどんな状況なのかまとめています。
（詳しくは、環境省生物多様性情報システムの絶滅危惧種情報（メダカ）を見て下さい）

まず現在の日本で、どれぐらいメダカが住んでいるのでしょうか。
環境省の種の多様性調査（1999年度）によると、メダカがいることが確認できなかった県が6、確認できた地点が10地点に満たない県が27もありました。 その後、農林水産省と環境省との連携による「田んぼの生きもの調査」(2001年度)では、種の多様性調査では確認できなかった県でもメダカが見つかりましたが、 東京都と山梨県からは確認できませんでした。ただこの結果には、人間によって放流されてメダカがいるようになった場所も含まれているように思います。（これについては後で述べます）

では、なぜメダカが減ってしまったのでしょうか。
ひとつは水田の再開発です。メダカの英語名が「rice fish」であるように、水田と用水路の状態がメダカの繁殖にはとても大切になります。 この水田が、機械等による効率化のために区画整理され、用水路がコンクリート化されたことがあります。コンクリート化によって、 メダカが卵をつけるカナダモ等の藻や水草が生えなくなり、増えることができなくなってしまうわけです。
また、用水路をより速く水が流れるようになり、あまり流れていない所を好むメダカにとっては住みにくくなってしまうということもあるでしょう。 用水路で水をすぐに入れられるので、それまでメダカのいい住みかであったため池が無くなってしまったということもあります。 それに、用水路と田んぼとの間の段差が急になったということもあるようです。メダカは繁殖のために田んぼの中や、より浅い所に入っていきます。 ６月頃に観察をすると、水深がほんの数センチのようなところにメダカが泳いでいます。 段差がつきすぎるとメダカが田んぼへ入れなくなり、せまい範囲内で繁殖をしなければならなくなります。 なので、よりたくさん卵を産むことができなくなるといわれています。
ふたつめに、水質の悪化があります。生活排水や農薬が流れ込み、メダカにとっては住めない水質になってしまう場合があります。 メダカはある程度の汚れには強い魚ですが、より汚れに強いカダヤシなどには勝てないようです。

いずれにしても、メダカが減った理由は「住む場所とよりたくさん子どもを増やせる場所が無くなった」ということです。 メダカ１匹が500〜700個ほど卵を産みますから、メダカが育つことができる場所があれば、すぐ増えることができます。 絶滅危惧II類に指定されて以来、各地で放流運動がおきましたが、ただ放流するだけでは増えません。 メダカが育っていける場所でなければ、放流しても全滅してしまうことが考えられます。 （もしメダカがその場所にいないなら、そこはメダカが住むには良くない場所だとも言えます）
さらに地域ごとの遺伝子型の問題があります。（それについては次の項目で）
今、早急に行わなければならないのは、メダカが安心して住み増えていくことができる場所を一つでも多く残すことです。 現在、メダカが住んでいる場所を守り、よりメダカが増えていけるようにしていくことが大切でしょう。